Biologická bezpečnostná skriňa druhej úrovne je rovnaká ako biologická bezpečnostná skrinka. Plyn tiež prúdi z vonkajšej strany do sekundárnej biologickej bezpečnostnej skrine, ktorá sa zvyčajne nazýva prítok. Prívod zabraňuje úniku aerosólov vznikajúcich počas mikrobiologických operácií z predného ovládacieho okienka skrine do laboratória. Rozlišujú sa však od primárnych biologických bezpečnostných skríň v tom, že iba cez HEPA filtrovaný (sterilný) vzduch môže pretekať cez pracovný povrch. Vstavaný ventilátor nasáva vzduch cez predný otvor do skrinky a do prednej mriežky. Vzduch, ktorý nebol filtrovaný filtrom, preto priamo nevstupuje do pracovného priestoru, čím chráni vzorky a prístroje uložené vo vnútri bezpečnostnej skrinky pred kontamináciou vonkajším vzduchom.
Jedinečným znakom sekundárnej biologickej bezpečnostnej skrinky je to, že filter je filtrovaný vertikálnymi vrstvovými (nesmerovými) HEPA filtremi a vnútri skrine je vytvorený vzduch smerom nadol. Konštantný tok vzduchu môže v kabíne vytvárať vnútorné infekcie prenášané vzduchom, čím chráni vzorky uložené v skrinke pred infekciou. Tento druh prietoku vzduchu sa nazýva pokles.
Hlavným rozdielom medzi rôznymi typmi sekundárnych biologických bezpečnostných skríň je to, že pomer výfukových plynov a podielu plynu recirkulovaného vzduchom pri vysokom tlaku sú odlišné. Navyše rôzne sekundárne biologické bezpečnostné skrine majú rôzne metódy výfukových plynov: Niektoré bezpečnostné skrine filtrujú vzduch priamo do miestnosti a niektoré sú vypúšťané cez skriňu pripojenú k vyhradenému vetraciemu kanálu alebo cez výfukový systém budovy. Mimo budovu.
Okrem vyššie uvedených rozdielov môžu všetky sekundárne biologické bezpečnostné skrine, ako sú skrine biologickej bezpečnosti na úrovni 1, chrániť prevádzkovateľov a laboratórne prostredia pred poškodením. Navyše, sekundárna bezpečnostná skrinka tiež chráni vzorky produktu pred kontamináciou počas mikrobiálnych operácií. Sekundárna biologická bezpečnostná skrinka môže byť použitá pri biologickom činiteľnom fungovaní na jednej, dvoch alebo troch úrovniach biologickej bezpečnosti.